弘治元年朝堂的朝臣们展开了一场礼部的大变革，礼科给事中张九功上言请厘正祀典，不当祀祭者应罢之。下礼部议，尚书周洪谟等议说：释迦、文殊、上清、太上老君不宜修建斋醮，遣官祭告。古礼幽荧祭星，今北极紫徽大帝，像之为人，称之日帝，不合于典。至于风云雷雨，本合祀于南效，复隆秋报，今徇道家言，又有雷声化天尊之祀，实为不敬。岁以正月十五日为真君张道陵生辰，遣官祭告不合于制。大、小青龙神，祷雨无应，不足祀之。梓潼帝君，昔传神姓张，名亚子，蜀人，仁晋战没，人为立祠。唐、宋屡封至英显王，元加号为帝君，景泰中因京师旧庙新之，岁以二月三日生辰遣祭。神庙食于蜀，宜也，与文昌六星无涉，其祠在天下学校者当毁。永乐中，以道士周思得传王灵官法有验，乃建天将庙祀灵官，谓宋徽宗时有西蜀萨坚授法于林灵素者，其师也，因于庙立祖师殿。宣德中，改大德观，封灵官曰崇恩真君，祖师曰隆恩真君。成化初，改显灵宫，岁易袍服，其费不赀。当革灵济宫祀。金阙、玉阙上帝，盖五代时徐温子知证，知谔也。神世系事积非甚异，其攒号亦当革。
说穿了就是要废掉成化年宪宗大搞特搞的佛道庞大开支，对于刚刚即位之初的朱佑樘来说，颇有精图治之志。恢复遵祖制开大、小经筵，一日两朝。
在内官的整顿上，太监覃昌传旨戒谕在京诸司说：“今后五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙门务段遵守祖宗成宪，不得互相嘱托，损公利己。如内外官敢有写帖子嘱托者，内官送交东厂，外官送交锦衣卫处置，期若容隐不奏，事发后处以重罪。”
就是说不得宦官跟朝臣拉关系，相互托请结党营私。过后左都御史马文升上言时政：选廉能以任风宪，禁摭拾以戒贪官，择人才以典刑狱，申命令以修庶务，逐术士以防煽惑，责成效以革奸弊，择守令以固邦本，严考课以示劝惩，禁公罚以砺士风，广储积以足国用，恤土人以防后患，清僧道以杜游食，敦怀柔以安四裔，节费用以苏民困，足兵食以御外侮，孝宗诏下所司议行，厘正祀典。
这个上疏刚上，就有承宣布政使司左参议袁洁复上关于“平安伯”怀柔以安四裔，通商道苏民困，足兵食以御外侮，自大明朝起，西北边关从无余粮，每年朝廷为其供给，卫所兵响粮食所费银何其千万两，自成化先皇设立平安镇起，短短几年平安伯就其让整个榆林道不缺粮，到目前还能往外省运粮，反孵朝廷，就凭这样的政绩足能恢复其封爵。
自大明以来朝廷封出去的爵位随便收回唯平安伯一人耳。损害朝廷威严，故而平安伯久不履职的起因。意思是说朝廷反反复复，把封荫当儿戏，对待能吏大臣如此，怎么整顿朝堂上下。显然这是章子俊托请袁洁的套路，正好借着朝廷整顿的机会给捅了上去。
就此在弘治元年（1488）四月十二日朝会上，关于章子俊的去留问题展开了对奏，说是奏对，其实就是处理章子俊“犯令”一事。
目前朝中最不爽的就数吏部尚书王恕，好心推荐章子俊出任南京户部尚书，人家还不鸟，害的在朝臣面前抬不起头来。
话说王纶是内府十二监四司八局中典玺局局丞，供事东宫，故称其为‘东宫局丞”、“东宫内侍”。按明朝惯例，太子继位后，东宫内侍自然递转入司礼监掌机务。
钱溥是翰林院侍读学士，因曾在内书堂教书而与王纶有师生之谊。明朝的翰林院，实际上是内阁的下属机关，内阁成员也多由翰林院出身。故新进士一人翰林，人们就以“储相”视之。钱溥此时已是侍读学士,从五品，只要有人从中斡旋，超擢詹事府少詹事人阁并非难事。
在此之前，天顺元年，吕原曾以翰林院侍讲(正六品)、岳正更以翰林院修撰(从六品)人阁办事。此念一起， 钱溥便遗人往宫中向王纶打探消息。王纶也正想加强自己的势力,于是亲赴钱宅，商议英宗后事。此事看来很是平常，但在当时却属内外官结党,罪在不赦。偏偏钱溥与大学士陈文比邻而居，二人素来交厚，如钱溥请陈文-起共商大计，或许结局大不-样。但钱溥计不及此，或者心有顾忌，想背着陈文，但行踪却为陈文所窥伺。
尽管陈文与李贤有矛盾,但毕竟资历较浅，居李贤之下，也并不委屈。今钱溥将自己甩到一边，与王纶密议，一旦人阁，岂不又多一政敌?为自身计,陈文和李贤结成了同盟，共同倾轧钱溥。
而王纶急不可待地觊觎司礼监，又直接触犯了掌印太监牛玉,这是英宗晚年最为信赖的宦官。致命的是，王纶、钱溥未能抓住朱见深这座靠山，恰恰相反，在关键时刻引起了朱见深的不满。英宗大殓的这天，皇宫内外上自天子、下至旗校内使，均穿缞服，以示对大行皇帝的哀悼和怀念。其时天寒地冻，王纶不知是漫不经心，还是有意显露，却在缞服之外套了--件貂裘。朱见深一眼瞥见，心中甚是不快。牛玉乘机历数其过，最大的罪状自然是交结钱溥。朱见深此时已得李贤、陈文的奏告，只是未作处置。王纶一不谨慎，撞在枪口上。朱见深即命将王纶、钱溥下狱，并追究同党。
钱溥降广东顺德县知县，成化十八年后起掌南京翰林院事，进南京户部尚书， 此时的钱溥正在等待章子俊的接任，才可致仕。可是大半年过去了，新任南京户部尚书章子俊没有去上任，这可让朝廷下不来台。
都察院都御史赵桓，佥都御史吴兆恩，六部给事中刘柄誉，王书桓，张峥、吴议、黄陶等官员纷纷参劾章子俊目无皇法，犯令抗旨，应该抓捕下狱。
誊黄右通政严祖兴出列道：“平安伯是能臣也，榆林道离不开他，目前鞑靼小王子率部落潜往大同近边营，扎营长达三十里。四月前皇上刚刚登基就遣使一千五百余人说是请通贡，上书自称“大元汗”。后然皇上诏许五百人至京师后，前两月又来，下官以为自此以后，小王子屡以入贡为名，沿边骚扰，且出没河套地区，这样的话西北边境再度紧张。朝廷又要增派守备及内宦驻守，吐鲁番也对哈密虎视眈眈，哈密危矣，此时如果把章子俊大人调往南京，河套会被鞑靼再度侵占。那么刚刚建立起来的西北产粮区河湾又变成了鞑靼人的牧场，榆林危矣。”
严祖兴的这个对奏可谓是一针见血，让大多数朝臣似乎才反应过来，内心也嘀咕起来，难道章大人不去南京户部跟榆林边关有关？看来问题不是表面上的那么简单。
此时的都察院右都御史，总督漕运的马文升出列道：“成化以来辽东激变，西北边事荒逐，蓟州、宣府、大同三镇已有镇守太监，不应再设分守、守备、监枪等内臣。据统计，蓟州有内臣九员，宣府有内臣八员，大同有内臣六员，共二十三员，“每员占用军人，少则二三百名，多则四五百名，通计侵占已有数千”。“此等守备之数，委的无益于事，有扰于边”，应当裁革。”
马文升对西北边关之事最清楚，可以说当今大明朝堂中无人有马文升这样的理解。对边患自有主张。马文升对憎道官很厌恶，这跟马文升在成化年时任左副都御史巡三次抚辽东有关。成化十四年时，发生陈钺错杀女真贡使、激变辽东之事。汪直打算亲往平定，以立功显名。太监怀恩建议派朝中大臣前往安抚，马文升立即支持，并受委任。汪直提出派人同往，马文升也没有同意。这一来，又得罪了汪直。汪直后来与刑部尚书林聪等勘边事，说辽东激变，是马文升禁止边方农器贸易所致。马文升申辩无用，被下诏狱，谪戍重庆卫。马文升在戍所滞留四年。汪直失宠后，他才复官。
再次被起用后，入朝任兵部尚书。但方士出身的通政司左通政李孜省要推荐他人掌兵部，在宪宗面前做了手脚，于成化二十二年（1486年）将马文升调任南京兵部尚书。
马文升心里憋了一肚子气，对内宦及李孜省等憎道官痛恨异常，如今官拜都察院左都御史后，就提出：“巡城御史及兵马司、锦衣卫逐一搜访，但有扶鸾祷圣、驱雷唤雨、捉鬼耳报一切邪术人等，及无名之人，俱限一月内尽逐出京。”此时新朝初始，朱由樘也想清理朝堂，就命马文升提督十二团营。
马文升一上来就针对起了边关的驻守内臣问题，把原本商讨章子俊的“犯令”一事，撇在一边了。众多朝臣在错愕时，也不好接着说什么。明明知道”歪楼“了，也拿不出更好的方案，不过有一点到是一致的，就是内臣的权力要收一收了，那些术士、憎道官该撤的撤，该免的免，该罚的罚。
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