不过在新赛季当中，姆巴佩却表现出了更好的状态，并且在欧冠联赛当中他也是拿出了一份非常合格的答桉。
2017年2月21日在欧洲冠军联赛八分之一决赛首回合摩纳哥客场对阵曼彻斯特城足球俱乐部的比赛中，姆巴佩打入一粒进球，最终摩纳哥客场以三比五的比分不敌曼城。
3月15日在欧洲冠军联赛八分之一决赛次回合摩纳哥主场对阵曼城的比赛中，姆巴佩又打入一粒进球，最终帮助摩纳哥以三比一的比分战胜曼城，从而以总比分六比六且客场进球数多的战绩晋级欧冠四分之一决赛。
4月13日在欧冠联赛四分之一决赛首回合摩纳哥客场对阵德国多特蒙德足球俱乐部的比赛中，姆巴佩打入两粒进球，最终帮助摩纳哥以三比尔的比分战胜的特蒙德。
4月19日在欧冠联赛四分之一决赛次回合摩纳哥主场对阵多特蒙德的比赛中，姆巴佩在比赛第三分钟就打入一粒进球，最终帮助摩纳哥以三比一战胜多特蒙德，从而以总比分六比三的成绩晋级欧冠半决赛。
5月9日在欧冠联赛半决赛次回合摩纳哥客场对阵尤文图斯足球俱乐部的比赛中，姆巴佩打入一粒进球，最终摩纳哥客场以一比二的比分不敌尤文图斯，以总比分一比四的战绩止步欧冠半决赛。
5月16日姆巴佩获得2016-2017赛季法甲年度最佳新人称号。5月18日在法甲联赛第三十一轮补赛摩纳哥对阵圣埃蒂安足球俱乐部的比赛中，姆巴佩打入一粒进球，帮助摩纳哥以二比零的比分战胜圣埃蒂安并提前一轮获得2016-2017赛季法甲联赛冠军。
在2016-2017赛季中姆巴佩在法甲联赛出场二十九次，打入十五粒进球并贡献十一次助攻；在法国联赛杯出场三次，打入三粒进球；在法国杯出场三次，打入两粒进球并贡献三次助攻；在欧冠联赛出场九次，打入六粒进球。这个成绩已经惊为天人了，让全世界都对这个不到二十岁的年轻人瞩目起来。
2017年8月31日姆巴佩以先租借后买断的形式从摩纳哥足球俱乐部加盟至巴黎圣日耳曼足球俱乐部。
9月9日在法甲联赛第五轮巴黎圣日耳曼客场对阵梅斯足球俱乐部的比赛中，姆巴佩在比赛第五十九分钟打入一粒进球，这也是姆巴佩加盟巴黎圣日耳曼之后的联赛首球，最终巴黎圣日耳曼以五比一的比分战胜梅斯。
9月13日在欧冠联赛小组赛b组第一轮巴黎圣日耳曼客场对阵苏格兰凯尔特人足球俱乐部的比赛中，姆巴佩在比赛第三十四分钟打入一粒进球，帮助巴黎圣日耳曼以五比零的比分战胜凯尔特人。
9月20日姆巴佩入选2017世界最佳阵容候选名单。10月9日姆巴佩入选2017年国际足联世界足球先生候选名单，这也让人更加认识了这个年轻人的潜力。
10月19日在欧冠联赛小组赛b组第3轮巴黎圣日耳曼客场对阵比利时安德来赫特足球俱乐部的比赛中，姆巴佩打入一粒进球并贡献一次助攻，帮助巴黎圣日耳曼以四比零的比分战胜安德来赫特。
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